Компанія заснована в 1873 році в османському місті Смірна скрипковим майстром Анастасіосом Статопулосом (грец. Αναστάσιος Σταθόπουλος), назва утворена від складів «epi» (грец. Ἐπι) - зменшувальне ім'я сина засновника Епамінондас і «phone» (грец. Φωνή) - «звук ». У 1903 році Статопулос емігрував до США, де продовжив справу. Спочатку фірма випускала лютні і скрипки, пізніше - мандоліни. З 1915 року після смерті засновника фірму очолив його син Епі. Після першої світової війни фірма освоїла випуск банджо, пізніше - гітар. У 1943 році помер Епі Статопулос, і фірма перейшла у володіння його братів Орфея і Фрікса.
У 1957 році фірма була поглинена компанією Моріса Генрі Берліна Chicago Musical Instrument Company (CMI) (з 1944 року володіла її основним конкурентом на ринку арктоп-гітар (англ.) Gibson), такі моделі як Emperor, Deluxe, Broadway і Triumph, на думку деяких музикантів, перевершували продукцію Gibson.
На початку 1970-х років інструменти марки Epiphone почали вироблятися в Японії, а в 1983 році виробництво переведене в Південну Корею. З 1980-х років гітари Epiphone виготовляються в основному в Кореї, в Японії ведеться виробництво за ліцензією, один з таких ліцензіатів - компанія Samick. На початку 2000-х років виробництво в Кореї і Японії практично припинено, у 2002 році Gibson відкрив завод в китайському місті Циндао, на якому виготовляються виключно гітари під маркою Epiphone.